A mai Kétvölgy két település Permise és Ritkaháza egyesítésével jött létre. Ezt a kettősséget őrzi a település jellege és szlovén elnevezése is (Verica-Ritkarovci). Először 1944-ben egyesítették őket Vashegyalja néven. 1946-ban Vashegyalja néven kivált Ritkaházából, majd 1950-ben újra egyesítették őket ideiglenesen Ritkaháza, majd 1951-től Kétvölgy néven. Ez a név abból származtatható, hogy a községek magvait két patakvölgy fogja közre.
1183-ig az egész térség ritkán lakott volt. A ciszterci szerzetesek földjeik megművelésére még több szlovén parasztot telepítettek be a Murántúlról. Az új lakosság parasztmajorokat hozott létre, melyek idővel falvakat kezdtek alkotni.
Permiséről és Ritkaházáról 1387-ből maradtak fenn az első írásos említések Perbese és Kereka néven (utóbbit 1645-től hívják Ritkarocznak). Permise ó-morva eredetű, amelynek jelentése völgy. Sokan tévesen úgy vélik, hogy a település neve Pribina herceg nevéből származik, aki a dunántúli szlovének fejedelme volt. Kereka nyilván a Kerka folyót takarhatja, aminek forrása Kerkafőn (régi nevén Csöpincen) van, s ez a település közel esik hozzá.
A török időkből származik egy legenda, hogy a megvert ellenség egy kis forrásnál elásott egy kis méretű aranyborjút, vagy bikát. A hely neve szlovénul Törnjek. Az idősek gyakran áltatták a fiatalokat ezzel a történettel, akik bedőlve ennek lejártak oda, és a kincs után kutattak.
A két falu sokáig a dobrai vár uradalmának a része volt. Permise a XVI. századtól vagy három évszázadon át a szentgotthárdi uradalomhoz tartozott. Ritkaházát a XVIII. századtól a Nádasdy család birtokolta, aztán a XIX. század közepéig a felsőlendvai uradalomhoz tartozó falu volt.
Ritkaháza sokáig a nagy-dolinczi plébániához tartozott egyházilag, s külön temetője volt, haranglábját 1882 és 1889 között emelték. A nagy távolság okán a hívek kérésére igazították a települést Felsőszölnökhöz, ahová 1987-ig jártak istentiszteletre a lakosok.
A két világháború alatt nem kis emberveszteséget szenvedett a két falu. 1944-ben egy amerikai, vagy angol bombázó repülőgép zuhant le a határában, aminek három pilótája katapultált és szerencsésen földet ért. Még ebben az évben Jugoszlávia irányából egy 13 fős nagyrészt szerb és szlovén partizánokból álló csapat hatolt be. Céljuk Budapest volt, hogy üdvözölhessék a felszabadító szovjet hadsereget. Egy Borovnják János nevű helyi lakos házában szálltak meg és sértetlenségéről biztosították őt és családját. Ittlétük kitudódott és a helybeliek félve tőlük feljelentették őket. A katonaság riasztotta a felsőszölnöki csendőrséget, akikkel együtt bekerítették a házat. A heves tűzharcban a partizánvezért Mirkót (eredeti nevén Alojz ©karjanc) megölték, aki éppen társai, kivonulását fedezte, s akik így el tudtak menekülni Felsőszölnökre. Mirkót előbb Szakonyfaluban, majd Szentgotthárdon földelték el. Sírját a rendszerváltás után vették gondozásba.
A falu hetvenes évektől az Őrségi Tájvédelmi Körzethez tartozott, 2002-től az Őrségi Nemzeti Park része. Ugyancsak 2002-ben nyitotta meg Mádl Ferenc magyar és Milan Kučan szlovén köztársasági elnök Kétvölgy – Čepinci (Szlovénia) határátkelőhelyet.